Il Presbiterio
Il presbiterio della Concattedrale ha subito significative modifiche nel corso del Novecento. Attualmente è caratterizzato da un coro ligneo realizzato dall'intagliatore senese Lattanzio Godazzi entro il 1649. Lo stesso artefice realizzò nel 1648 un pregevole pulpito con ricche e ampie volute attorno a una colonna della navata destra.
L'altare marmoreo dei Della Ciaja
Nel 1785, per iniziativa della famiglia della Ciaja, fu commissionato un altare in marmo pregiato destinato ad accogliere le reliquie della martire Mustiola. Questo altare, oggi collocato in sacrestia, fu voluto dal vescovo Giuseppe Pannilini (1775–1823) che curò la traslazione del corpo della santa dalla basilica extra-urbana demolita nel 1784.
La decorazione moderna
In origine il luogo di sepoltura era ornato da una tela settecentesca raffigurante la santa in posizione giacente. Questa fu poi sostituita da una decorazione pittorica a finto mosaico eseguita da Arturo Viligiardi (1869–1936), ancora oggi visibile sull'altare moderno. L'opera si inserisce nel vasto programma decorativo che l'artista senese realizzò per la cattedrale tra il 1891 e il 1893.
Il presbiterio costituisce il fulcro della vita liturgica della cattedrale e conserva intatto il suo valore devozionale nonostante le trasformazioni avvenute nel corso dei secoli.